对于中国方面，南京保卫战是一次遭到惨重损失的、非常失败的战役，其教训是深刻的。
首先南京保卫战在战略上完全没有必要，当时中国的大部分将领也反对死守南京。死守南京的计划是唐生智打出爱国主义旗号的产物。保卫南京的目的不是为了打赢战争，而仅仅是为了保卫和塑造“爱国者”的面子。更为可怕的是一旦有人提出这样的爱国口号，没有人能够或愿意出来阻止，因为大家都怕承担卖国或汉歼的罪名。蒋介石之所以不肯不战而放弃南京也是害怕承担“卖国”的罪名。
只是，以几十万人的生命为代价来塑造“爱国”的形象，实在太残酷了。
然而令人震惊的还是中国官僚的腐败程度。唐生智在公共场合上信誓旦旦的宣布要与南京共存亡，并销毁一切船只，断绝了南京军民的所有退路。但暗地里却为他自己准备了逃跑用的船只，并在关键的时候带头逃跑。对于唐生智的撤退命令，有两种说法：一种说法是唐生智自己下的撤退命令；另一种说法是蒋介石向唐生智发出“若不能坚持可以撤退”的命令。但不管怎么说，唐生智都有无法逃避的责任。
军队司令在下达撤退命令时，一定要说明向哪个方向撤退、以什么方式撤退、谁先退谁后退、谁来断后掩护，这是司令官的起码责任。绝不能说一声“撤退”，就扔下军队不管，自己首先逃跑。如果唐生智能够少贪生怕死一些，指挥南京的军队有组织地撤退，绝不会死那么多人。抗日战争中，象唐生智这样口头上英勇无畏，实际上贪生怕死的腐败官僚，绝对不是少数。后来唐生智投靠，作了一个“花瓶”的政协委员，于1970年去世。
当时南京城中大量的中国士兵扔掉武器、脱掉军装逃跑，被西方和日本人作为中国士兵贪生怕死、没有爱国心的笑谈。但外国人无法理解这些中国士兵之所以这么做，在相当程度上是出于对出卖他们的腐败官僚的愤恨。守卫南京的中国士兵在唐生智逃跑以前并没有人脱掉军装逃跑，大家下了与南京共存亡、与指挥他们的司令官一起牺牲的决心。当他们得知要求他们战死到最后一个人的司令官带头逃跑时，其被欺骗的愤恨程度是可想而知的。他们扔掉武器、扔掉军装，在一定程度上也是表示他们不再为那些欺骗他们的腐败官僚去卖命的决心。还有一些军队得知唐生智带头逃跑后主动向日军投降，后来成为汪精卫政府的“伪军”。
鸦片战争后的历次对外战争中，中国军队往往是望风而逃。其原因并不是中国士兵的贪生怕死，而是指挥他们的腐败军官们贪生怕死。在朝鲜战争中，由于指挥中国军队的不是怕死的腐败军官，所以中国军队也赢得了不怕死的声誉。中国近代在对外战争中屡战屡败，其根源还在于腐败的官僚。对于那些一切为了钱的贪官们，怎么可能指望他们能够在战场上经得起生死的考验。
对于日本方面，南京战役也是一次失败的战役。南京战役是日军中的军国主义狂热分子煽动起来的。日军虽然占领了南京，但结果反而使其完全陷入无法自拔的战争泥潭，在战略上是完全失败的。同时日军在南京进行了大规模的烧杀奸抢，使日本人背上了一个难以抹去的历史污点。在1900年八国联军出兵中国时，日军以军纪最好、没有进行烧杀奸抢而得到国际社会的称赞。为什么南京战役中日军出现了大规模的烧杀奸抢呢？据日本学者的研究，日军在南京出现大规模的烧杀奸抢的原因主要有三个。
第一个原因是严重的物质不足。
由于南京战役是下级军官煽动、急造出来的战役，完全没有进行粮草等基本物资的准备。上海派遣军和第十军向南京进军时都是靠“现地解决”来解决所需的粮草。所谓“现地解决”其实就是抢劫。由于上海到南京一带是中国有名的粮仓，所以从上海到南京的一路日军还没有遇到太大的粮草困难。可是在南京战役中，中国采用了“焦土政策”，将南京周围16公里以内的村庄全部烧光，人员全部撤走，使日军在攻打南京时无法从附近搞到足够的粮草。据一个当时参加过南京战役的士兵回忆，在2天的南京攻城战中，他只吃过一棵生白菜。这些饥肠辘辘的士兵一旦进入南京城就进行大肆抢劫是可以想象的，而抢劫又往往伴随着杀人。因此物质不足成为日军在南京城中大肆抢劫杀人的重要原因。
第二个原因是大量的高龄预备役士兵。
1937年日本的现役陆军部队只有25万人，上海战役时紧急动员预备役部队才组成了一支30万人的大军。所以进攻南京的士兵大部分是25岁以上的高龄预备役士兵。现役部队的士兵是高中一毕业就直接进入军队的年轻人，他们没有接触过社会，没有社会上的各种不良习气，比较单纯和遵守纪律。而高龄预备役士兵已进入社会多年，很多人染上了社会上的各种不良风气和习惯，要使一支由染有不良习气的人所组成的部队保持较好的军纪相当困难。
据日军第十军自己的内部记录，第十军的军法部在南京期间处理了102件士兵犯罪案件（杀人、强奸、抢劫等）。其中现役士兵只有4人，其它都是高龄预备役士兵。可见高龄预备役士兵是犯罪、特别是强奸犯的主力军。1945年苏联进攻“满洲国”时，以高龄士兵为主的苏军士兵在“满洲国”也发生了大量强奸事件，可见保持高龄士兵的军纪是一个比较困难的问题。
南京战役后，日军也意识到大量强奸事件的严重性。从1938年开始日军开始在军中设立进行性服务的“慰安妇”机构，“慰安妇”机构的设立使日军在后来的战争中强奸事件大为减少。美国后来也“学习”了日本的“慰安妇”经验，1945年美军在日本上陆时，美军的第一个要求就是日本政府在10天以内为美军提供1万名以上的“慰安妇”。
第三个原因是日本人对战俘的态度。
由于历史上日本人的武士道精神，使日本人形成了宁死不当俘虏的世界观。1932年第一次上海事变中，日军的空闲升少佐在身负重伤失去知觉的情况下，被中国军队俘虏。停战后空闲升少佐被送还日本，但他在回到日本后自杀，以死来洗去他曾经作过俘虏的耻辱。该事件在日本一时成为美谈。中国抗战期间有一个“狼牙山五壮士”的英雄故事。据说狼牙山五壮士在弹尽后跳崖自尽，追赶他们的日军士兵在五壮士跳崖后，曾列队脱帽表示敬意。日本人在历史上就有一种对俘虏的人格歧视，这是造成日军虐待和杀害战俘的一个重要原因。
四、中日在“南京大屠杀”上的争执
中日双方一直在“南京大屠杀”问题上存在争执，这成为两国关系上的一个重要问题。虽然日本有一些完全否认南京大屠杀的人，但大部分人还是承认日军在南京进行过屠杀，但在人数上则绝没有中国所说的30万之多。中日双方在“南京大屠杀”上的争点主要在人数上。
一些日本人说中国人历来就对数字问题很不认真，从中国历次的古代战争中就没有认真细致的伤亡人数统计，只有死亡10万、30万这样的估计数字。说在南京雨花台曾经屠杀了30万人，30万这个人数并不是经过严格调查而得出的结论。为了凸现的残酷性就随意制造出30万这个数字，反正在南京雨花台的确屠杀过很多人。当然台湾的不会承认这个数字。
为了说明的残酷，有意夸大的杀人人数；为了说明的残酷，民主人士夸大的杀人人数，似乎不把对方的罪行进行夸大，就不能充分说明对方的罪恶。这是中国人的一种特有心态。
1947年审判日本战犯时，国民政府向远东国际法庭提交的南京大屠杀被害人数为34万，但国际法庭在最后判决书中，把南京大屠杀的被害人数压缩为20万。在稍后对南京大屠杀的主要负责人松井石根大将的死刑判决书中，又把南京大屠杀的被害人数压缩到10万。为什么国际法庭要压缩中国政府提出的被害人数的数字？这值得中国人深思。不过中国人对数字问题并不太在意，没有因为国际法庭压缩南京大屠杀的人数而向国际法庭提出抗议。反正对“南京大屠杀”进行了审判就行，并不在意和计较判决书上的具体被害人数。
西方学者评论中国的历史学家是世界上“最苦恼”的历史学家，在中国不能进行求实的历史学研究。上面说秦始皇的焚书坑儒是正确的，历史学家们只能去研究寻找焚书坑儒正确性的依据，绝不能研究出焚书坑儒并不正确的结论。上面说南京大屠杀的被害人数是30万，历史学家们只能去寻找被害人数是30万的依据，绝不能研究出被害人数不到30万的结论。中国的历史是“唯上历史”而不是“唯实历史”，这种“唯上历史”在中国可以通用，但在国际舞台上绝对没有任何效力。
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